集团下设办公室（党群工作部）、人力资源部、财务管理部、规划工程管理部、投资发展部、企业管理部、审计法务部（纪检监察室）、资产运营管理部，8个部门，同时下设南京市溧水区交通建设投资有限公司、南京溧水交通公共客运有限公司、南京溧水中山保障房建设有限公司、南京溧水金鹏建设有限公司、南京溧水新能源发展有限公司、南京溧水工程咨询服务有限公司、南京无想建设发展有限公司、南京溧水环山河生态旅游投资发展有限公司、南京市溧水区校车服务有限公司、南京溧水交通出租汽车客运有限公司、南京溧水智慧城市建设有限公司、南京溧水无想水镇文旅发展有限公司等16个全资子公司。